strace、遅いものだと思われてると思いますが、とりあえず遅いのは膨大な出力のせい
今回の用途では、頻繁に呼ばれるread/write/gettimeofday/futexの出力は全く必要ない
strace -efile でファイル関係イベントだけ出力するようにできる
これを使えばオーバヘッドはgccで2倍とか、まあその程度になる