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四国fix
どうでもいい 348

2022-01-03

_ MD の種類

https://wiki.fysik.dtu.dk/ase/ase/md.html

を見ればわかりやすかった。一番実装がややこしい NPT の説明があまりないけど……

雑にまとめると

VelocityVerlet: NVE 。ニュートン法
Langevin: NVT 。ランダムに摩擦と変動を加えて VT 一定にする
Andersen: NPT 。ランダムな確率でランダムに速度いじって PT 一定にする
NVTBerendsen: VT 一定になるように速度をスケールさせる
NPTBerendsen: PT 一定になるように速度をスケールさせる
NPT: 摩擦で調整して PT 一定にする感じらしい (ただ Parrinello-Rahman dynamics の方が説明されてないげ)

Berendsen 二種が普通に考えるとそうするよねって実装に思える、がなんか正しくないらしい

(16:13)

_ Berendsen

はやめとけ、って書いてあった

https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%99%E3%83%AC%E3%83%B3%E3%82%BC%E3%83%B3%E3%83%BB%E3%82%B5%E3%83%BC%E3%83%A2%E3%82%B9%E3%82%BF%E3%83%83%E3%83%88

まあとにかく NPT の実装がよろしい、と

(16:35)

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1.shinh(2022-01-08 18:06) 2.ma(2022-01-08 14:48) 3.ma(2022-01-08 14:46)

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